随着我国水产养殖业的飞速发展，产量的大幅提升同时也带来了投入的增多，这使得水质问题日益严重。尤其是养殖后期，水体中的有机物、氨、亚硝酸盐含量过高，严重阻碍了水产养殖产品的生长。
1、光合细菌的引入，能够有效降解水中的有机物，如残留饵料和粪便等，同时吸收并利用水中的氨、亚硝酸盐、硫化氢等有害物质，进一步推动有机物的循环，从而优化水质，为水产养殖产品的生长提供了优良的环境。
2、光合细菌不仅是鱼苗的优秀开口饵料，其营养价值也相当高。其粗蛋白含量达57.9%，粗脂肪含量为7.9%，可溶性糖含量为20.8%，且含有16种必需氨基酸，这对于鱼、虾、蟹苗的成长发育有着极大的促进作用，也大大提高了鱼苗培育的成活率。
3、光合细菌细胞含有丰富的营养成分，内含大量生理活性物质，可以直接添加到饲料中，使养殖产品在食用后能有效刺激免疫系统。
4、光合细菌还能显著提高饲料的消化吸收效率，提升饲料的利用率，降低饲料系数，从而加快养殖产品的生长速度。
此外，光合细菌的应用还能有效抑制藻等有害藻类，使硅藻和小球藻成为水体中的优势种，这对于养殖产品的健康生长有着极大的促进作用。
关于光合细菌使用的注意事项
1. 在使用光合细菌前，需确保其已在光照环境下静置10小时。
2. 酸性水质对光合细菌的生长有所抑制，因此在使用前，应使用生石灰将水体的pH值调节至3-5。
3. 光合细菌不宜存放在金属容器中，并且在繁殖后应尽快使用。在常温下，其存放时间不得超过15天。
4. 在培育鱼苗的过程中，应在鱼苗放入鱼池前的7天，将光合细菌均匀撒入全池，以促进浮游生物的繁殖和生长，为鱼苗提供丰富的饵料。
5. 光合细菌的微小形态和轻比重特性，使得其在洒入鱼塘时，活性菌不易沉降到池底，从而无法充分发挥改善池底环境的作用。
6. 若需同时使用多种净水制剂，需注意各类制剂的配伍性。例如，硝化细菌和光合细菌不宜在同一培养池中同时使用，因为它们在净化水质的过程中会相互抑制，从而降低使用效果。
7. 光合细菌是活性细菌，药物会对其产生杀灭作用。因此，不应与抗生素和消毒剂同时使用。建议在水中进行消毒处理后的7天后再使用光合细菌，否则可能会影响其使用效果。